Rhaenyra tomou a capital e o Trono de Ferro por um breve período. Pessoas da corte testemunharam que o Trono lhe causou feridas nas mãos e nas pernas. O sangue derramado parecia ser um sinal de rejeição, tanto que seus dias como governante foram curtos. Seu governo foi marcado por vingança e perseguição, de modo que os plebeus se voltaram contra ela. Tornou-se tão cruel e vingativa que passou a ser chamada de "Rei [[Maegor I Targaryen|Maegor]] com Tetas". Sua paranoia cresceu tanto que ela declarou [[Addam Velaryon]], [[Corlys Velaryon]] e [[Nettles]] como traidores.
O povo de Porto Real se ergueu contra ela, iniciando [[Revolta de Porto Real (Dança dos Dragões)|uma revolta ]] que tomou a maior parte da cidade. Nesse cenário, uma multidão foi incitada por um profeta louco e atacou o [[Poço dos Dragões]], matando os três dragões que estavam presos ali. Joffrey, tentando salvá-los, também morreu. O dragão de Rhaenyra lutou contra a multidão e foi outra vítima. Tal episódio ficou conhecido como o [[Assalto ao Poço dos Dragões]].
Após o Assalto, Rhaenyra deixou Porto Real. Amedrontada e desesperada, passou pálida e abatida por [[Rosby]], [[Stokeworth]] e [[Valdocaso]]. Quando chegou em Pedra do Dragão, Rhaenyra foi traída por Sor [[Alfred Broome]], e o que restava de sua Guarda Real foi morta. Seu meio irmão, Aegon II, tomara o controle da ilha em segredo e decretou a morte da meia-irmã, dando-a de comer ao seu dragão moribundo, Sunfyre. O Rei Aegon II decretou que Rhaenyra não devia ser lembrada como rainha, mas apenas como princesa. As únicas rainhas do período seriam sua mãe, Alicent, e sua irmã e esposa, Helaena.