Daenerys foi concebida durante a rebelião de [[Robert Baratheon]], o Usurpador. Depois que seu irmão mais velho, o príncipe [[Rhaegar Targaryen]] foi morto na [[Batalha do Tridente]], sua mãe e seu irmão Viserys foram enviados para Dragonstone, uma antiga casa de sua família, para a sua segurança. Pouco tempo depois seu pai foi morto por [[Jaime Lannister]] durante o saque de [[Porto Real]]. <ref> </ref>
Daenerys nasceu em uma forte tempestade em Dragostone, onde sua mãe morreu após o parto. Denerys e seu irmão Viserys foram enviados para a cidade livres de [[BraavosBravos]] por um Cavaleiro leal, Sor [[Willem Darry]]. Nessa cidade eles viveram em uma casa com uma porta vermelha. Ser Willem estava velho e doente, mas tratava Dany gentilmente. Depois de sua morte eles foram roubados e expulsos pelos servos. Dany chorou quando foi expulsa da casa e esta se tornou para ela, um símbolo da infância que ela nunca conheceu.
Viserys e Dany consideram-se os herdeiros do trono de [[Westeros]], [[viserys-targaryen|Viserys III]], rei dos sete reinos e Daenerys a sua próxima rainha. <ref> </ref>