Jon Arryn foi casado três vezes. A primeira com [[Jeyne Royce]], e segunda com sua prima [[Rowena Arryn]]. De nenhum destes casamentos advieram filhos. Por não ter filhos, Jon apontou diversos herdeiros, que morreram um após o outro. Primeiramente seu sobrinho [[Elbert Arryn]], filho de seu irmão mais novo, [[Ronnel Arryn|Ronnel]]. Após [[Elbert Arryn|Elbert]] ter sido executado por ordens do [[Aerys II Targaryen|Rei Aerys II]], [[Denys Arryn]] tornou-se herdeiro. Ele era de um distante (e baixo) ramo da [[Casa Arryn de Vila Gaivotas]] e havia casado com uma sobrinha de Jon; morreu, porém, na [[Batalha dos Sinos]].
Durante a [[Rebelião de Robert|Rebelião]], Jon casou uma terceira vez, com [[Lysa Arryn|Lysa]], filha de [[Hoster Tully]]. Não havia nenhum amor no casamento. [[Lysa Arryn|Lysa]] achava Jon velho demais, e odiava seu hálito, além de sempre ter sido apaixonada por [[Petyr Baelish|Mindinho]]. Após diversos abortos, [[Lysa Arryn|Lysa]] deu a Jon um filho e herdeiro: [[Robert Arryn]]
=Família=