Tyanna cuidou de Maegor, e no trigésimo dia de seu coma, ele acordou. Montou Balerion e sem um aviso sobrevoou o [[Septo da Memória]] na [[Colina de Rhaenys]], onde ele desencadeou as chamas do dragão que consumiram o septo e tudo dentro. Aqueles que tentaram fugir foram mortos pelos arqueiros que Maegor tinha colocado ao redor da colina. Disseram que os gritos dos queimados e moribundos ecoou nas ruas de Porto Real e por sete dias uma nuvem negra pairou sobre a cidade. O Alto Septão manteve firme oposição a Maegor.
A insurreição militante da Fé não foi esmagada, e durante todo o reinado de Maegor eles permaneceram seus inimigos mais amargos. Ele esmagou as rebeliões com métodos cruéis e brutais, e instituiu um novo conjunto de leis que ficou conhecido como a Lei de Maegor, proibindo santos homens de portarem armas. Ele colocou recompensas sobre qualquer um que se recusasse a cumprir sua lei, oferecendo um dragão de ouro para o couro cabeludo de um [[Fé Militante#História|Filho do Guerreiro]] e um veado de prata para o couro cabeludo de um [[Fé Militante#História|Pobre Companheiro]], o que lhe valeu o apelido de "O Cruel".
A Fé não foi a única oposição que Maegor enfrentou durante o seu reinado. O filho mais velho de Aenys, Príncipe [[Aegon Targaryen (filho de Aenys I)|Aegon]], lançou uma rebelião contra Maegor, para tentar reconquistar o trono que por lei deveria ter sido seu. Isto terminou em uma batalha no [[Olho de Deus]] em {{Data|43}}, quando Maegor, montado em Balerion, matou Aegon, junto com seu dragão [[Quicksilver]].