Com a missão cumprida, Stannis ficou descontente quando Robert o nomeou Senhor de Pedra do Dragão e deu Ponta Tempestade e todos os seus rendimentos para o irmão mais novo, Renly. Robert precisava de um governante forte para a ilha, já que lá era o símbolo do agora extinto poder dos Targaryen, e Stannis era mais adequado para a função do que o jovem Renly. Entretanto, a nomeação também foi pensada como uma desfeita, colocando o espinhoso Stannis a alguma distância do continente. Fiel e cumpridor, Stannis agiu como um administrador eficaz para Pedra do Dragão.
Integrando o pequeno conselho, Stannis foi nomeado Mestre dos Navios, deixando Sor [[Axell Florent]] como o castelão de Pedra do Dragão. Durante a [[Rebelião Greyjoy]], foi Stannis quem comandou a [[frota real ]] e [[Batalha da Ilha Bela|derrotou a Frota de Ferro]] na [[Ilha Bela]]. Depois, ele subjugou [[Grande Wyk]] em nome do irmão.
No casamento de Stannis com Selyse, o Rei Robert seduziu e se deitou com [[Delena Florent]] no leito que havia sido preparado para as núpcias de Stannis. Dessa união, nasceu [[Edric Storm]], o único bastardo reconhecido pelo rei. Stannis insistiu que aquilo manchara a honra da Casa da esposa e enviou o menino para ser criado por Renly em Ponta Tempestade.