Baelor era quieto e estudioso, e muito religioso na Fé dos Sete. Ele desejava se tornar septão, mas seu pai recusou que ele realizasse esse capricho e o obrigou a se casar com sua irmã [[Daena Targaryen|Daena]], como os Targaryen costumavam fazer. Baelor obedeceu, embora com relutância, mas se recusou a consumar o casamento.
Após a morte de seu irmão, o Rei Daeron I, Baelor iniciou seu reinado com uma caminhada descalço pelo [[Caminho do Espinhaço]] para fazer a paz com [[Dorne]]. Ele também salvou seu primo, [[Aemon Targaryen|Aemon, o Cavaleiro Dragão]] de um poço de víboras, e tomou diversas picadas, mas o veneno não pôde matá-lo pois sua fé o protegeu (muitos acreditam que esse conto é uma metáfora sobre a visita de Baelor a Dorne, sendo que Dorne seria o "poço de víboras", e os dorneses, as "víboras"). Ainda assim, Baelor retornou pra casa após negociar o casamento de seu primo [[Daeron II Targaryen|Daeron]] com a Princesa [[Myriah Mariah Martell]], garantindo a paz com Dorne após a tentativa frustrada de [[Conquista de Dorne|conquista]] de seu irmão. Depois, quando Daeron se tornou rei, ele arranjou o casamento de sua irmã mais nova, [[Daenerys Targaryen (filha de Aegon IV)|Daenerys]], com o Príncipe [[Maron Martell]], unindo os reinos definitivamente.
O reinado de Baelor foi voltado para orações e jejuns. Seu tio, [[Viserys II Targaryen|Viserys]], continuou a governar o reino como [[Mão do Rei]].