Uma vez que [[Loren I Lannister|Loren, o Último]] desistiu de sua coroa, os Lannister foram reduzidos a posição de Lordes. Embora sua riqueza permanecesse intocada, eles não tinham laços próximos com a [[Casa Targaryen]] (ao contrário dos [[Casa Baratheon|Baratheon]]) e, diferentemente dos [[Casa Tully|Tully]], eram orgulhosos demais para lutar imediatamente por um lugar de proeminência sob o Trono de Ferro. Não durou sequer uma geração, quando o príncipe Aegon e a princesa [[Rhaena Targaryen]] buscaram refúgio do rei Maegor, o Cruel, para que os Lannister, mais uma vez, começassem a deixar uma marca importante no reino. Lorde [[Lyman Lannister]] protegeu o príncipe e a princesa sob seu teto, estendendo-lhes os direitos de hóspedes e recusando todas as exigências do rei de devolvê-los. Mesmo assim, sua senhoria não comprometeu suas espadas com o príncipe e a princesa fugitivos, nem se apressou depois que o príncipe Aegon pereceu nas mãos de seu tio durante a [[Batalha sob o Olho de Deus]]. Mas, quando o irmão mais novo de Aegon, Jaehaerys, colocou sua reivindicação ao Trono de Ferro, os Lannister garantiram seu apoio.
A morte do rei [[Maegor I Targaryen]] e a coroação do rei [[Jaehaerys I Targaryen]] aproximaram a Casa Lannister do Trono de Ferro, embora os [[Velaryon]], os [[Arryn]], os [[Hightower]], os [[Tully]] e os [[Baratheon]] ainda os eclipsassem em influência. Lorde [[Tymond Lannister]] esteve presente no [[Grande Conselho#Grande Conselho de 101|Grande Conselho de 101 d.C.]] que decidiu a sucessão, e ficou famoso ao chegar com uma comitiva imensa de trezentos vassalos, homens de armas e criados... só para ser superado por Lorde [[Matthos Tyrell]] de Jardim de Cima, que contava com quinhentas pessoas em sua comitiva. Os Lannister escolheram ficar ao lado do príncipe Viserys nas deliberações uma escolha lembrada e recompensada alguns anos mais tarde, quando [[Viserys I Targaryen]] ascendeu ao Trono de Ferro e fez do irmão gêmeo de Lorde Jason Lannister, Sor Tyland, seu mestre dos navios. Mais tarde, Sor [[Tyland Lannister]] se tornou mestre da moeda do rei Aegon II, e sua proximidade com o Trono de Ferro e posição favorecida na corte trouxeram seu irmão, Lorde Jason, para o lado de [[Aegon II Targaryen]] na [[Dança dos Dragões]].
Mas, enquanto a luta pela sucessão continuava, Sor Tyland sofreu enormemente por esconder a maior parte do ouro da coroa onde [[Rhaenyra Targaryen]] não pudesse alcançá-la quando ela tomou [[Porto Real]]. E a associação dos Lannister com o [[Trono de Ferro]] provou ser malfadada quando a [[Dalton Greyjoy|Lula Gigante Vermelha]] e seus saqueadores caíram sobre as terras ocidentais desprotegidas enquanto Lorde Jason marchava para leste sob ordens do rei Aegon II. Os apoiadores da rainha Rhaenyra encontraram seu exército na travessia do Ramo Vermelho, onde Lorde Jason caiu em batalha, mortalmente ferido pelo escudeiro [[Pate de Folhalonga]]. O exército Lannister continuou a marchar, conseguindo vitórias sob comando de Sor [[Adrian Tarbeck]], e depois sob comando de Lorde [[Lefford]], antes que este último perecesse na [[Batalha da Margem do Lago|Comida de Peixe]], onde os homens das terras ocidentais foram massacrados entre três exércitos. Enquanto isso, Sor Tyland Lannister caiu prisioneiro da rainha Rhaenyra depois que ela tomou Porto Real. Cruelmente torturado para ser obrigado a revelar onde escondera a maior parte do ouro da coroa, Sor Tyland se recusou teimosamente a falar. Quando Aegon II e seus partidários conquistaram a cidade de volta, ele foi encontrado cego,