Durante a guerra, Rhaegar foi morto por [[Robert Baratheon]] na [[Batalha do Tridente]]. [[Aerys II Targaryen|Aerys II]], o rei louco, devido à sua paranóia, acreditava que o Príncipe [[Lewyn Martell]] devia ter traído Rhaegar no Tridente e decidiu manter Elia e seus dois filhos em [[Porto Real]] como reféns contra a possível traição [[Dorne]]sa.
Quando a [[Casa Lannister]], perto do fim da guerra, [[Saque de Porto Real|invadiu e saqueouPorto Real]], foi perpetrado o massacre da família real. A filha de Elia, [[Rhaenys Targaryen (filha de Rhaegar)|Rhaenys]], foi violentamente morta por Sor [[Amory Lorch]] enquanto Elia foi estuprada e morta por Sor [[Gregor Clegane]], seu outro filho, [[Aegon Targaryen|Aegon]], foi brutalmente assassinado por [[Gregor Clegane]]. Sor Gregor então estuprou Elia e a matou esmagando sua cabeça. Ambos, Lorch e Clegane, estavam seguindo ordens de Lorde [[Tywin Lannister]], senhor de [[Rochedo Casterly]].
Tywin disse mais tarde que ele havia instruído seus capitães a matar as crianças para assegurar o trono para [[Robert Baratheon]], mas tinha esquecido de Elia e não deu ordens para executa-la. [[Oberyn Martell]], no entanto, acredita que Tywin Lannister matou Elia e as crianças por causa da recusa de Aerys II no casamento de seu filho e herdeiro, Rhaegar, a sua filha [[Cersei Lannister|Cersei]].