A Rainha Alysanne acreditava que a Princesa Daenerys, como a mais velha de suas três crianças vivas, deveria ser a herdeira do rei e a primeira na fila do trono. O rei Jaehaerys, no entanto, considerava o príncipe Aemon como seu herdeiro desde o dia em que nasceu. Embora Alysanne expressasse seu descontentamento em relação a decisão do rei, lembrando-lhe que Daenerys era mais velha e deveria ser rainha, Jaehaerys respondeu dizendo que Daenerys se tornaria rainha depois que ela se casasse com Príncipe Aemon, e governaria os reinos ao seu lado. De acordo com o [[Grande Meistre]] [[Benifer]], a resposta do rei não agradou completamente a Rainha Alysanne.{{Ref|fab|Jaehaerys e Alysanne: Triunfos e tragédias}}
A Princesa Daenerys tornou-se uma das muitas vítimas da epidemia de [[Arrepios ]] em {{Data|60}}. No início do ano, ela acordou sua mãe durante a noite reclamando de um resfriado. Tudo o que poderia ser feito foi feito por ela. Ela recebeu cataplasmas, sopas quentes e banhos escaldantes, cobertores, peles, pedras quentes, chá de urtiga, leite materno. Septões e septas oraram, e os Meistres vieram e foram embora, mas os tremores dela pioraram. Perto do amanhecer, o Rei Jaehaerys insistiu que sua filha precisava de um dragão e enviou corvos para [[Pedra do Dragão]], instruindo a trazerem imediatamente um filhote para a [[Fortaleza Vermelha]]. Mas era tarde demais. A Princesa Daenerys morreu um dia e meio depois de ter se queixado pela primeira vez de sentir frio.{{Ref|fab|O longo reinado Jaehaerys e Alysanne: Política, progênie e provação}}
Após a morte da Princesa Daenerys, a Rainha Alysanne parou de comparecer ao conselho. Dois meses após a morte da Princesa Daenerys, a rainha descobriu que estava grávida de novo. No final de {{Data|60}}, a rainha Alysanne deu à luz a Princesa [[Alyssa Targaryen|Alyssa]], que era tão parecida com Daenerys quando ainda era um bebê que a Rainha Alysanne muitas vezes chorava ao olhá-la, lembrando-se da falecida Princesa Daenerys. As semelhanças foram desaparecendo a medida que Alyssa crescia.{{Ref|fab|O longo reinado Jaehaerys e Alysanne: Política, progênie e provação}}