*''Veja também: [[Levante da Fé Militante]]''
Apesar de convertidos à Fé, os Targaryen mantinham-se sem prestar contas aos deuses ou aos homens, continuando com sua prática de casamento incestuoso, um pecado abominável para [[Fé dos Sete#Os Sete|Os Sete]]. Quando Aegon I morreu, trinta e sete anos depois da Conquista, e foi sucedido por seu herdeiro nascido de incesto, [[Aenys I Targaryen]], a poderosa e influente milícia conhecida como [[Fé Militante]] se [[Revolta da Fé Militante|revoltou]] contra o Trono de Ferro Targaryen. À época, a [[Mão do Rei|Mão]] de Aenys era [[Maegor I Targaryen|Maegor Targaryen]], seu truculento meio-irmão que acabou herdando o trono após a morte do reide Aenys. De forma brutal, Maegor tentou conter a revolta mas não teve êxito. A Fortaleza Vermelha foi construída sob ordens suas durante esse período. O governo de Maegor foi marcado pela tirania e arbitrariedade, que ameaçava a estabilidade em todo o reino. Seu sucessor, [[Jaehaerys I Targaryen|Jaehaerys, o Conciliador]], optou pela diplomacia e negociou com a [[Fé dos Sete]], dissolvendo o braço armado da Fé Militante e prometendo proteção para a Igreja. O governo de Jaehaerys I foi longo e sábio, com a lei e a ordem sendo restauradas. Várias importantes reformas foram impostas ao território, modernizando o reino e trazendo prosperidade.
===Guerra civil e a morte dos dragões===
O [[Dorne|Principado de Dorne]] conseguiu [[Primeira Guerra Dornesa|resistir]] a fúria de Aegon I durante a Guerra da Conquista, permanecendo sob o governo dos [[Casa Martell|Martell]]. Ao assumir o trono, em {{data|157}}, [[Daeron I Targaryen]] (conhecido como "o Jovem Dragão"), com apenas quatorze anos de idade, decidiu resolver esse assunto pendente. Mesmo jovem e sem dragões, Daeron derrotou os dorneses em uma [[Conquista de Dorne|invasão bem-sucedida]]. Porém, ele não conseguiu manter sua conquista e morreu jovem, junto com mais de cinquenta mil homens que tentavam conter a revolta dos [[dorneses]]. Morto com apenas dezoito anos, o Jovem Dragão foi sucedido por seu irmão, [[Baelor I Targaryen|Baelor, o Abençoado]], que estava em vias de se tornar septão. Um dos primeiros atos de Baelor foi fazer a paz com Dorne ao casar seu sobrinho, o Príncipe [[Daeron II Targaryen|Daeron]], com a Princesa [[Mariah Martell]].
Baelor é bem recordado lembrado positivamente pelos [[plebeu]]s, mas os [[meistres]] não tem a mesma opinião e consideram que sua piedade foi sua ruína. Seu tio [[Viserys II Targaryen|Viserys II]] o servia como Mão, assim como havia servido a Daeron I. Viserys teve de governar o reino enquanto Daeron guerreava e Baelor rezava. Durante seu reinado, Baelor confinou suas três irmãs na Arcada das Donzelas da Fortaleza Vermelha, tentando evitar pensamentos carnais. A despeito disso, [[Daena Targaryen|Daena, a Desafiante]], teve um caso com seu primo, o jovem [[Aegon IV Targaryen|Aegon]].
Em {{data|171}}, Baelor morreu sem filhos e Viserys II herdou o trono. Após um curto reinado, ele foi sucedido por seu filho, [[Aegon IV Targaryen|Aegon IV]], que ficou conhecido como Aegon, o Indigno. Seria somente durante o reinado do sucessor de Aegon IV que Dorne finalmente foi anexada aos Sete Reinos sob o comando dos Targaryen, o que se deu através de alianças matrimoniais.
Após um longo período de tensões, Daemon Blackfyre se levantou em revolta contra seu irmão e rei Daeron II Targaryen quando este prometeu a mão de sua irmã, Daenerys, ao Príncipe [[Maron Martell]], casamento que garantiu a anexação de Dorne (diziam que Daemon era apaixonado por esta garota). A [[Primeira Rebelião Blackfyre]] ({{data|195}}-{{data|196}}) foi esmagada pelos filhos de Daeron, [[Baelor Quebralanças]] e [[Maekar I Targaryen|Maekar]], com a ajuda de Corvo de Sangue, que disputava o amor de Shiera Seastar com seu meio-irmão Aegor Açoamargo (que apoiava Daemon). Na [[Batalha do Campo do Capim Vermelho]], Daemon foi morto por Corvo de Sangue, mas Açoamargo, leal a [[Casa Blackfyre]], conseguiu fugir para o exílio, atravessando o [[Mar Estreito]], e fundou a [[Companhia Dourada]], um grupo de mercenários empenhados em colocar um [[Pretendente Blackfyre]] no Trono de Ferro.
O Príncipe Baelor foi nomeado Mão de seu pai, além de herdeiro, mas morreu em {{data|209}} pelas mãos do irmão Maekar no [[Julgamento dos Sete]] que ocorreu no [[Torneio de Vaufreixo]]. [[Aerion Targaryen|Aerion Chamaviva]], o filho de Maekar, foi enviado para o exílio após o julgamento, e Maekar permitiu que seu filho "[[Aegon V Targaryen|Egg]]" continuasse como escudeiro de [[Duncan]], um [[cavaleiro andante]], para ensinar-lhe humildade e honra. Durante o reinado de Daeron II, o terceiro maior palácio dos Targaryen foi construído nas [[Marcas de Dorne]]: , [[Solarestival]].
A partir do exílio, a [[Casa Blackfyre]] continuaria [[Pretendentes Blackfyre#História|a atormentar]] o Trono de Ferro dos Targaryen por gerações, até que [[Maelys Blackfyre|Maelys, o Monstruoso]], o último dos Blackfyres da linhagem masculina da família, viria a [[Guerra dos Reis de Nove Moedas|tombar em combate]] contra os lealistas Targaryen.