Mais tarde, Rhaegar casou-se com a princesa dornesa [[Elia Martell]], com quem teve dois filhos: Rhaenys e [[Aegon Targaryen|Aegon]]. [[Meistres|Meistre]] [[Aemon Targaryen (filho de Maekar I)|Aemon]] lembrou que Rhaegar, erroneamente, pensava que seu filho seria o [[Príncipe que foi prometido|Príncipe Prometido]].
Quando o lorde [[Tywin Lannister]] renunciou sua posição como [[Mão do Rei]] e abandonou a corte em Porto Real, o foco da paranoia e desconfiança do Rei Aerys se voltou contra o popular príncipe Rhaegar, seu filho mais velho e herdeiro. Na corte, as tensões entre aqueles que apoiavam o rei e aqueles que nutriam simpatia pelo príncipe começou a crescer. O Grande Meistre [[Pycelle]] chegou a mandar uma carta para a [[Cidadela]], onde escreveu sobre as tensões e divisões na corte que, segundo ele, começavam a lembrar o prelúdio da [[Dança dos Dragões]]. Pycelle temia que uma nova guerra civil poderia acontecer se algum entendimento não fosse firmado entre as facções que surgiam na capital.{{ref|twoiaf|32}}
Durante o [[Torneio de Harrenhal]], Rhaegar Targaryen parecia invencível, tendo derrubado até mesmo Sor Arthur Dayne, a Espada da Manhã. Tomando a rosa de inverno, ele escolheu [[Lyanna Stark]] como Rainha do Amor e da Beleza ao invés de sua esposa. Um ano depois houve o suposto rapto de Lyanna por Rhaegar, o que culminou na [[Rebelião de Robert]] e no fim da [[Casa Targaryen|Dinastia Targaryen]].
Rhaegar e [[Robert Baratheon]] se enfrentaram num vau na [[Batalha do Tridente]]. A dupla teve um duelo lendário sobre as águas do rio, até que Robert esmagou o peito de Rhaegar com um golpe possante de seu martelo de guerra, espalhando pela água os rubis incrustados na armadura de Rhaegar, o que conferiu ao vau o nome de [[Vau Rubi]]. Mais tarde, sua esposa e sua filha foram assassinados durante o [[Saque de Porto Real]] por Sor [[Gregor Clegane]] e Sor [[Amory Lorch]]. Lorch arrastou Rhaenys, que se escondera embaixo da cama, e a apunhalou até a morte.{{ref|awoiaf| Rhaegar Targaryen}} Segundo fontes semi-canônicas, o corpo de Rhaegar foi recuperado por simpatizantes de sua Casa e o cadáver foi cremado numa pira funerária, a moda Targaryen.<ref>[[So Spake Martin]]: [http://www.westeros.org/Citadel/SSM/Entry/Asshai.com_Forum_Chat Asshai.com Forum Chat], (27 de julho de 2008)</ref>
A circustância circunstância do rapto de Lyanna por Rhaegar ainda é um mistério nos livros, não sendo revelado se ela foi com ele por vontade própria ou se realmente foi um sequestro. Os [[Casa Stark|Starks]], em particular [[Brandon Stark]], viu isso como um rapto e Robert Baratheon imaginou que Rhaegar estuprava Lyanna no seu cativeiro. Contudo, os partidários e simpatizantes dos Targaryens afirmam que Rhaegar realmente sentia amor por Lyanna. Lorde [[Eddard Stark]], o irmão de Lyanna, e [[Howland Reed]] recuperaram o corpo dela na Torre da Alegria, em Dorne.{{ref|AWOIAF| Lyanna Stark}} Lyanna havia falecido pouco tempo depois da chegada de Eddard e do seu [[Batalha da Torre da Alegria|confronto com os três guardas reais]] que Rhaegar havia deixado lá. Antes de morrer, Lyanna conseguiu extrair de Eddard uma promessa, cujo o conteúdo ainda é desconhecido.{{ref|AGOT|35}}{{ref|AGOT|47}}
==Família==