Em seguida, logo no fim da rebelião, Ned, junto de seis companheiros, viajou até a fronteira de [[Dorne]] para a [[Torre da Alegria]], onde o Príncipe [[Rhaegar Targaryen]] havia escondida sua irmã, [[Lyanna Stark]]. Ela estava guardada por três membros da [[Guarda Real]], incluindo Sor [[Arthur Dayne]]. O [[Batalha da Torre da Alegria|combate que seguiu resultou na morte de todos]], exceto Ned e [[Howland Reed]]. Infelizmente, Lyanna morreu logo após o combate, um acontecimento que, desde então, assombrou Eddard. Antes de falecer, contudo, ela conseguiu extrair do irmão uma promessa.{{Ref|AGOT|4}} A morte de Lyanna uniu Robert e Ned em sofrimento e os dois fizeram as pazes.{{Ref|aGoT|12}}
[[Arquivo:Ned Lyanna Death Promise.jpg|thumb|300px|Ned no quarto de Lyanna no seu leito de morte, ''por [http://www.amokanet.ru/ Amok]'' ©.]]
Assim que se encerrou o conflito, com Robert tomando para si o [[Trono de Ferro]], Eddard retornou a Winterfell, trazendo consigo um bastardo, [[Jon Snow]], de cujo as origens Ned se recusava a falar, até mesmo para sua esposa; rapidamente, buscou silenciar os rumores de que a mãe do garoto era a nobre [[Ashara Dayne]].{{ref|agot|6}} Lorde Borrell afirma que a filha do pescador que transportou Ned é a mãe de Jon Snow.{{ref|adwd|9}} Quando finalmente sua esposa Catelyn questionou quem era a mãe da criança, Eddard respondeu de forma brusca dizendo que ele era do seu sangue e isso era tudo que ela precisava saber. Então, ele enterrou seu pai nas Criptas de Winterfell e depois quebrou a tradição e enterrou seu irmão Brandon e sua irmã Lyanna por lá também (um local reservado apenas para lordes e os reis de outrora).{{ref|AGOT|66}} [[Barbrey Dustin]], agora senhora de [[Vila Acidentada]], se ressentia com o fato de lorde Eddard ter retornado o cavalo do seu marido [[Willam Dustin|Willam]], mas não seus ossos para o enterro.{{ref|ADWD|41}} Um pouco mais tarde o irmão mais novo de Ned, [[Benjen Stark|Benjen]], se juntou a [[Patrulha da Noite]].{{ref|AWOIAF| Benjen Stark}}
Ned passou então os próximos quinze anos governando como [[Senhor de Winterfell]] e [[Protetor do Norte]], uma tarefa que nunca esperou e para a qual nunca se sentiu à altura de cumprir; raramente deixava suas terras, e nunca se envolveu nas complexas intrigas das cortes no sul.{{ref|AGOT|12}} A única vez que voltou a deixar o Norte foi para, novamente, lutar ao lado de Robert, na [[Rebelião Greyjoy]].{{ref|AGOT|4}} Após este breve conflito, Eddard levou para Winterfell o único filho sobrevivente de lorde Balon Greyjoy, o jovem [[Theon Greyjoy|Theon]], com o intuito de faze-lo de refém para garantir a lealdade dos [[homens de ferro]], mas Ned acabou criando o garoto com amor, como se fosse seu próprio filho.{{Ref|ACOK|11}}