Alyn teve um número desconhecido de filhos com sua esposa, a senhora [[Baela Targaryen]], a filha mais velha do príncipe [[Daemon Targaryen]] e a senhora [[Laena Velaryon]].{{Ref|TWOIAF|110}} Embora fosse casado, ele amava a princesa [[Elaena Targaryen]]{{Ref|AFFC|8}} e juntos eles tiveram dois filhos bastardos, o garoto [[Jon Waters|Jon]] e a menina [[Jeyne Waters]], que eram gêmeos.{{Ref|TWOIAF|22}}<ref>[[So Spake Martin]]: [http://www.westeros.org/Citadel/SSM/Entry/Three_Maidens_in_the_Tower/ "Three Maidens in a Tower"], 27 de junho de 2006</ref> Elaena esperava se casar com Alyn um dia, mas ele acabou desaparecendo no mar.{{Ref|TWOIAF|22}} O filho deles, Jon, foi feito cavaleiro, se casou e teve um filho, que começou a linhagem da [[Casa Longwaters]].{{Ref|AFFC|8}}
===A rebeilão rebelião de Robert===
Os Velaryons haviam frequentemente servido como [[Mestre dos Navios]] — a ponto de muitos acharem que o cargo era hereditário — e forneciam ao [[Trono de Ferro]] o grosso dos navios da [[Frota Real]].{{Ref|TWOIAF|17}} [[Lucerys Velaryon (Mestre dos Navios)|Lucerys Velaryon]] serviu como Mestre dos Navios do Rei [[Aerys II Targaryen]], se tornando um dos seus maiores partidários contra a ascenção de [[Rhaegar Targaryen|Rhaegar]], o [[Príncipe de Pedra do Dragão]]. Durante a guerra civil conhecida como [[Guerra do Usurpador]] (chamada de Rebelião de Robert pelos vencedores), os Velaryons apoiaram os Targaryens.{{Ref|TWOIAF|32}}