No período que seu pai faleceu, Rhaenyra estava em [[Pedra do Dragão]] aguardando o nascimento do sexto filho. Os [[Verdes]] em [[Porto Real]] garantiram que a notícia da morte de Viserys não se espalhasse, com os apoiadores da princesa na [[Fortaleza Vermelha]] sendo aprisionados ou mortos. Uma semana depois, Aegon II foi formalmente coroado [[Rei dos Ândalos, dos Roinares e dos Primeiros Homens|rei]]. Quando a notícia desses acontecimentos finalmente chegaram até Rhaenyra, ela ficou furiosa e acabou entrando em trabalho de parto, produzindo uma filha deformada e natimorta, que ela chamou de [[Visenya Targaryen (filha de Rhaenyra)|Visenya]]. Rhaenyra culpou esta tragédia nos traidores que usurparam sua coroa. Ela então organizou uma apressada coroação para si mesma. A chegada de Sor [[Steffon Darklyn]] da [[Guarda Real]] em Pedra do Dragão, acompanhado de alguns seguidores dos [[Negros]], permitiu que a cerimônia prosseguisse com alguma legitimidade, já que enquanto Aegon II se coroou com a coroa do [[Aegon I Targaryen|Conquistador]], Rhaenyra pôde colocar sobre sua cabeça a coroa do [[Jaehaerys I Targaryen|avô]], que também tinha sido a de seu [[Viserys I Targaryen|pai]]. Rhaenyra foi coroada pelas mãos do seu tio-marido, o príncipe [[Daemon Targaryen]].{{Ref|TPATQ}}
Para garantir apoio para reivindicar o [[Trono de Ferro]], ambos os lados enviaram corvos e mensageiros para as [[grandes casas]] de [[Westeros]]. Rhaenyra mandou seu filho mais velho [[Jacaerys Velaryon|Jace]], montado em seu dragão, para contactar as casas [[Casa Arryn|ArrynsArryn]], [[Casa Manderly|ManderlysManderly]] e [[Casa Stark|StarksStark]] e angariar apoio (o que ele conseguiu), enquanto seu filho [[Lucerys Velaryon|Luke]] foi para [[Ponta Tempestade]] para conversar com o lorde [[Borros Baratheon]]. Ao contrário do irmão, Luke fracassou e quando estava retornando para casa foi atacado pelo dragão [[Vhagar]], que era montado pelo príncipe [[Aemond Targaryen|Aemond]]. Luke acabou sendo morto e lorde Borros declarou seu apoio aos Verdes.{{Ref|TPATQ}} A notícia da morte de Luke foi devastadora para a sua mãe. O marido dela, [[Daemon Targaryen|Daemon]], orquestrou a vingança, contratando dois assassinos ([[Queijo]] e [[Sangue]]) para matar o pequenino [[Jaehaerys Targaryen (Filho de Aegon II)|Jaehaerys]], filho de Aegon II. A guerra então se tornou generalizada, com combates irrompendo por todo o reino.{{Ref|FAB|A morte dos dragões: Um filho por um filho}}
Rhaenyra começou a guerra melhor, conseguindo mais apoio dentre as [[grandes casas]]. Ela e o marido Daemon, em {{data|130}}, avançaram e [[Queda de Porto Real|tomaram Porto Real]] (Aegon II fugiu, embora [[Helaena Targaryen|sua esposa]] tenha sido feita prisioneira). Rhaenyra tinha agora o controle do [[Trono de Ferro]], subindo nas escadarias e se sentando na cadeira, afirmando que ouviria juras de lealdade e pedidos de perdão na Fortaleza Vermelha pela noite inteira. Embora Rhaenyra estivesse vestida de armadura, o Septão Eustace<ref>[http://asoiaf.westeros.org/index.php/topic/100284-spoilers-the-princess-and-the-queen-complete-spoilers-discussion/page-6#entry5178064 Ran discussing Eustace]</ref> afirmou que várias pessoas presentes no salão da fortaleza disseram que a rainha se machucou pelas lâminas do Trono Ferro, recebendo vários cortes nas pernas e mãos. Muitos interpretaram isso como um sinal de que o trono havia "rejeitado" ela; seja como for, o reinado de Rhaenyra duraria pouco.{{Ref|TPATQ}} Eustace afirmou que ela frequentemente se cortava no trono e começou a ganhar peso e parecer desleixada durante sua estadia em Porto Real.{{Ref|FAB|A morte dos dragões: Rhaenyra triunfante}}