Logo após o torneio, Lyanna aparentemente foi raptada por Rhaegar. A história, conforme Robert, era a de que Rhaegar a sequestrou e a estuprou.{{Ref|aGoT|66}} [[Barristan Selmy]], por sua vez, tem certeza que o "''Príncipe Rhaegar amava sua Senhora Lyanna''", apesar de este amor ter mandado milhares para a morte.{{Ref|aDwD|67}} Segundo [[Viserys Targaryen]], Rhaegar simplesmente não estava feliz com seu casamento; se estivesse feliz com [[Elia Martell]], não precisaria de Lyanna. Certa vez, culpou sua irmã [[Daenerys]] por ter nascido tarde demais, e não ter podido casar com Rhaegar. Um Rhaegar feliz e casado não precisaria de Elia e tampouco de Lyanna. Dany diz que, pela mesma lógica, era culpa de Viserys não ter nascido mulher - e apanha gravemente por esta insolência.{{Ref|aSoS|42}}
[[Brandon Stark]], seu irmão mais velho, estava a caminho de [[Correrrio]] para se casar com [[Catelyn Tully]] quando as notícias o alcançaram. Ele cavalgou diretamente a [[Porto Real]]; entrando na [[Fortaleza Vermelha]] com alguns companheiros ([[Ethan Glover]], [[Jeffory Mallister]], [[Kyle Royce]] e [[Elbert Arryn]]), ele bradou para desafiou aos gritos ao Príncipe Rhaegar a "''sair e morrer''", mas o Príncipe . Mas Rhaegar não estava lá. O Rei [[Aerys II|Aerys]] prendeu Brandon e seus companheiros, acusando-os de planejar um assassinato, e os acusaram de traição. O Rei convocou os pais dos rapazes, supostamente para responder os crimes de seus filhos, mas quando se apresentaram, Aerys decidiu matar todos, pais e filhos juntos. Brandon e Lorde [[Rickard Stark]] exigiram um julgamento por combate, que o Rei concedeu. Lord Stark foi permitido usar armadura no combate, mas foi, então, suspenso por cordas sobre uma grande fogueira, pois Aerys havia escolhido o ''fogo'' como seu campeão. O Rei fez Brandon assistir Rickard ser assado lentamente, e o havia prendido em um equipamento que lhe estrangulava quanto mais tentasse alcançar uma espada próxima dele para resgatar seu pai; Brandon estrangulou a sim mesmo até a morte, e ambos morreram sem um julgametno real.{{Ref|aCoK|55}} Este foi um primeiro ímpeto para a [[Rebelião de Robert]]. Aerys, em seguida, exigiu as cabeças de Robert e Eddard, protegidos de [[Jon Arryn]] no [[Ninho da Águia]]. Jon Arryn respondeu a Aerys convocando seus vassalos e se levantando em rebelião.{{Ref|aGoT|2}}
Durante a guerra, Robert e Eddard foram importantes líderes, junto a [[Jon Arryn]], que havia sido pai de criação de ambos. A [[Batalha do Tridente|batalha decisiva]] foi travada no [[Tridente]], onde Robert matou Rhaegar em combate individual, e os rebeldes derrotaram o exército real.{{Ref|aGoT|4}} Segundo as histórias de [[Viserys Targaryen]], Rhaegar lutou e morreu pela "''mulher que amou''".{{Ref|aGoT|3}} [[Dany]] acredita nesta versão da história.{{Ref|aGoT|64}} Uma das visões da [[Casa dos Imortais]] parece representar os últimos momentos do Príncipe: rubis voam de seu peito como gotas de sangue, e seus joelhos afundam na água. Ele murmura o nome de uma mulher com seu último sopro de vida.{{Ref|aCoK|48}}