Os Lannisters se envolveram na grande guerra civil Targaryen, a [[Dança dos Dragões]]. O conflito se iniciou como um disputa de sucessão após a morte do rei [[Viserys I Targaryen]], colocando frente a frente sua filha [[Rhaenyra Targaryen]], nascida de sua primeira esposa [[Aemma Arryn|Aemma]] da [[Casa Arryn]], e o seu filho [[Aegon II Targaryen]], nascido de sua segunda esposa [[Alicent Hightower|Alicent]] da [[Casa Hightower]]. O chefe da Casa Lannister naquela época, Lorde [[Jason Lannister]], apoiou os [[Verdes]] (a facção que apoiava Aegon II). O irmão de Jason, Sor [[Tyland Lannister]], havia sido [[Mestre de Navios]] e membro do [[Pequeno Conselho]] do rei Viserys I. Tyland foi nomeado [[Mestre da Moeda]] no começo da Dança, e ele tomou o tesouro real e o dividiu em quatro partes. Uma foi deixada aos cuidados do [[Banco de Ferro de Bravos]] para segurança, a outra foi posta sob forte guarda em Rochedo Casterly e a terceira foi mandado para [[Vilavelha]]. O resto da fortuna ficou com os Verdes para subornos e presentes, além de financiar a contratação de mercenários. Lorde Jason foi morto na [[Batalha do Ramo Vermelho]], deixando Rochedo Casterly em desordem. A tropa Lannister, sob comando do [[Humfrey Lefford|Lorde Lefford]], foi estraçalhada durante a [[Batalha da Margem do Lago]], uma das mais sangrentas da guerra. Após a [[queda de Porto Real]], Tyland foi mandado para ser torturado para que entregasse onde o tesouro real havia sido escondido.{{Ref|tpatq}}{{ref|TWOIAF|61}}
Perto do fim da guerra, Aegon II retomou Porto Real, onde libertaram o mutilado Tyland – que continuou a servir no pequeno conselho de Aegon II até sua morte. Muitos presumiram que Tyland teria enlouquecido devido à extensa tortura, mas surpreendentemente ele manteve toda a sua inteligência e astúcia - nem sua cegueira afetou sua mente astuta. No final do conflito, viajou para as [[Cidades Livres]] para tentar contratar mercenários, mas a derrota final dos exércitos de Aegon II e sua morte por envenenamento encerraram a guerra.{{Ref|FAB|A morte dos dragões: O breve e triste reinado de Aegon II}}
Embora a Dança dos Dragões tenha terminado com Aegon III no [[Trono de Ferro]], Dalton se recusou a abrir mão de suas conquistas e retroceder das Terras Ocidentais. A senhora Johanna teve uma vitória contra os [[nascidos de ferro]] em [[Kayce]], mas seu plano para recuperar Ilha Leal terminou com a morte de Sor [[Erwin Lannister]] e dos lordes [[Casa Prester|Prester]] e [[Casa Tarbeck|Tarbeck]].{{Ref|FAB|Sob os regentes: Guerra e paz e exposição de gado}} Lorde [[Unwin Peake]], o sucessor de Tyland como Mão do Rei, enviou lorde [[Alyn Velaryon]] (o "Punho de Carvalho") para trazer paz para o oeste. Dalton acabou sendo morto por [[Tess]], uma de suas várias [[Esposa de sal|esposas de sal]], contudo, e os nascidos de ferro finalmente se retiraram de volta para suas ilhas. Johanna presenteou Alyn Punho de Carvalho com um cavalo-marinho dourado quando sua frota finalmente chegou ao oeste, mas o almirante recusou sua sugestão de atacar as [[Ilhas de Ferro]].{{Ref|FAB|Sob os regentes: A viagem de Alyn Punho de Carvalho}}
Johanna tirou vantagem da [[luta pelo poder nas Ilhas de Ferro]] ao ordenar a Sor [[Leo Costayne]] invadisse o arquipélago com um exército Lannister. Em troca da conquista das ilhas para o jovem Lorde Loreon, Leo esperava ganhar a mão de Johanna. O exército Lannister finalmente vacilou e Leo foi morto em [[Grande Wyk]], mas centenas de navios e aldeias nascidos de ferro foram destruídos durante a invasão. Muitos nobres nascidos de ferro foram mortos na campanha e Johanna capturou [[Rodrik Greyjoy (filho de Dalton)|Rodrik Greyjoy]], o tornou eunuco e fez dele o [[Bobo da Corte|bobo da corte]] de Loreon.{{Ref|FAB|A Primavera Lysena e o fim da regência}}
Algumas décadas mais tarde, durante a [[Primeira Rebelião Blackfyre]], Lorde [[Damon Lannister]] permaneceu leal aos Targaryens. O general rebelde, Sor [[Quentyn Ball]], derrotou as tropas Lannister nos portões de [[Lannisporto]]. Damon e seu herdeiro, Sor [[Tybolt Lannister|Tybolt]], participaram do [[Torneio de Vaufreixo]]. Tybolt se tornou o lorde de Rochedo Casterly quando Damon faleceu durante a [[Grande Praga da Primavera]]. [[Gerold Lannister]] foi prometido a senhora [[Rohanne Webber]] mas ele preferiu ficar em Rochedo Casterly com seu irmão Tybolt. Quando o lorde [[Dagon Greyjoy]] saqueou a costa ocidental durante o reinado de [[Aerys I Targaryen]], a Casa Lannister lutou contra ele no mar e na terra.