Para garantir apoio para reivindicar o [[Trono de Ferro]], ambos os lados enviaram corvos e mensageiros para as [[grandes casas]] de [[Westeros]]. Rhaenyra mandou seu filho mais velho [[Jacaerys Velaryon|Jace]], montado em seu dragão, para contactar as casas [[Casa Arryn|Arryn]], [[Casa Manderly|Manderly]] e [[Casa Stark|Stark]] e angariar apoio (o que ele conseguiu), enquanto seu filho [[Lucerys Velaryon|Luke]] foi para [[Ponta Tempestade]] para conversar com o lorde [[Borros Baratheon]]. Ao contrário do irmão, Luke fracassou e quando estava retornando para casa foi atacado pelo dragão [[Vhagar]], que era montado pelo príncipe [[Aemond Targaryen|Aemond]]. Luke acabou sendo morto e lorde Borros declarou seu apoio aos Verdes.{{Ref|TPATQ}} A notícia da morte de Luke foi devastadora para a sua mãe. O marido dela, [[Daemon Targaryen|Daemon]], orquestrou a vingança, contratando dois assassinos ([[Queijo]] e [[Sangue]]) para matar o pequenino [[Jaehaerys Targaryen (Filho de Aegon II)|Jaehaerys]], filho de Aegon II. A guerra então se tornou generalizada, com combates irrompendo por todo o reino.{{Ref|FAB|A morte dos dragões: Um filho por um filho}}
Rhaenyra começou a guerra melhor, conseguindo mais apoio dentre entre as [[grandes casas]]e comandando mais dragões. Ela e o marido Daemon, em {{data|130}}, avançaram e [[Queda de Porto Real|tomaram Porto Real]] (Aegon II fugiu, embora [[Helaena Targaryen|sua esposa]] tenha sido feita prisioneira). Rhaenyra tinha agora o controle do [[Trono de Ferro]], subindo nas escadarias e se sentando na cadeira, afirmando que ouviria juras de lealdade e pedidos de perdão na Fortaleza Vermelha pela noite inteira. Embora Rhaenyra estivesse vestida de armadura, o Septão Eustace<ref>[http://asoiaf.westeros.org/index.php/topic/100284-spoilers-the-princess-and-the-queen-complete-spoilers-discussion/page-6#entry5178064 Ran discussing Eustace]</ref> afirmou que várias pessoas presentes no salão da fortaleza disseram que a rainha se machucou pelas lâminas do Trono Ferro, recebendo vários cortes nas pernas e mãos. Muitos interpretaram isso como um sinal de que o trono havia "rejeitado" ela; seja como for, o reinado de Rhaenyra duraria pouco.{{Ref|TPATQ}} Eustace afirmou que ela frequentemente se cortava no trono e começou a ganhar peso e parecer desleixada durante sua estadia em Porto Real.{{Ref|FAB|A morte dos dragões: Rhaenyra triunfante}}
[[Arquivo:Throne Rhaenyra.jpg|miniaturadaimagem|esquerda|300px|Rhaenyra reinando no Trono de Ferro.]]
O povo de Porto Real inicialmente celebrou o retorno de Rhaenyra como uma libertadora, já que eles tinham pouco amor por [[Aegon II Targaryen]] e seu irmão [[Aemond Targaryen|Aemond]]. Rhaenyra então enviou [[cavaleiro]]s para perseguir aqueles que apoiaram Aegon na capital, com os portões da cidade sendo abarrotados de estacas com cabeças de supostos traidores. Também ainda faltava dinheiro. Embora o rei [[Viserys I Targaryen]] tenha deixado os cofres reais cheios de [[Moeda|ouro]], o tesouro real havia sido levado pelos Verdes, ao passo de que quando Rhaenyra chegou em Porto Real, ela já não tinha como financiar seu governo. Rhaenyra, precisando desesperadamente de dinheiro, autorizou o Lorde [[Bartimos Celtigar]], seu novo [[Mestre da Moeda]], a criar impostos e taxar a população da capital. Todos os dias, novos impostos eram aprovados. O [[povo comum]] lentamente começou a nutrir desconfiança e desgosto pela sua rainha. Com o tempo, o comportamento de Rhaenyra foi ficando cada vez mais errático. Vendo traidores em todos os lados, ela ordenou incontáveis execuções a partir da Fortaleza Vermelha.{{Ref|TPATQ}} Eventualmente ela ganhou a alcunha de "[[Maegor I Targaryen|Maegor]] com tetas" pelo povo. O termo "Tetas de Maegor" se tornou um praguejar comum em Porto Real por cem anos depois.{{Ref|TPATQ}}{{Ref|FAB|A morte dos dragões: Rhaenyra triunfante}}