===A Fúria dos Reis===
Mormont liderou uma expedição ao norte da Muralha após o desaparecimento de diversas patrulhas, uma delas liderada por [[Benjen Stark]], montando base no Punho dos Primeiros Homens. Jon seguiu adiante com [[Qhorin Meia-Mão]], que tentava descobrir o que [[Mance Rayder]] estava fazendo nas Presas de Gelo. No caminho, Jon libertou [[Ygritte]], uma mulher selvagem que havia capturado, ao invés de executá-la. O grupo depois foi descoberto pelos selvagens de [[Camisa de Chocalho]], e seus membros foram sendo mortos um a um até sobrar apenas Jon e Qhorin. Tentando salvar um patrulheiro que pudesse contar a Mormont sobre a ameaça dos selvagens, Qhorin ordenou a Jon que se unisse ao inimigo para descobrir seus segredos, se passando por um desertor. [[Ygritte ]] fazia parte do grupo de Camisa de Chocalho e apoiou sua história após vê-lo assassinar Qhorin.
===A Tormenta de Espadas===
Jon encontrou-se com [[Mance Rayder ]] e conseguiu convencê-lo que sua deserção era sincera. Durante a conversa, Jon ficou sabendo sobre os planos de Mance de invadir os Sete Reinos. Para ganhar a confiança dos selvagens, Jon quebrou seus votos e se tornou amante de [[Ygritte]]. Com o tempo, passou a nutrir sentimentos por ela, o que lhe deixou na difícil posição entre trair a Patrulha ou Ygritte.
Jon se juntou ao grupo de [[Styr]], que tinha a missão de escalar a Muralha e assaltar [[Castelo Negro ]] pelo sul. Ao sul da [[Muralha]], Jon conseguiu escapar enquanto os selvagens estavam sendo atacados pelo lobo [[Verão]], mas acabou levando uma flechada na perna.
Jon sobreviveu à flechada e chegou a Castelo Negro, onde descobriu que seus irmãos mais novos haviam sido assassinados a mando de [[Theon Greyjoy]]. Lá, ele alertou os patrulheiros sobre o ataque de Styr, o que resultou na morte dos selvagens, incluindo [[Ygritte]]. Em seguida, Jon recebeu o comando da defesa da Muralha contra um ataque direto de Mance. Tendo um sentido de liderança nato, Jon conseguiu resistir ao ataque de Mance por um bom tempo. No entanto, com a chegada de Sor [[Alliser Thorne ]] e Lorde [[Janos Slynt]] a Castelo Negro, foi preso por sua deserção. Os dois planejaram a morte de Mance, ordenando a Jon que o matasse durante uma parlamentação. Antes que Jon pudesse fazê-lo, porém, as forças selvagens foram atacadas por [[Stannis Baratheon]], que as venceu.
Por ter aprisionado o filho de Mance e obtido o [[Berrante de Joramun]], que teria destruído a muralha se fosse soprado, Jon conseguiu apoio suficiente para ser libertado de sua prisão e, graças às tramas de Samwell, foi eleito Senhor Comandante. Isso frustrou os planos de Stannis, que lhe havia oferecido senhoria sobre Winterfell.
===A Dança dos Dragões===
Jon passou a morar nos aposentos de [[Donal Noye]], após a morte do ferreiro no livro anterior. Jon está sempre acompanhado, predominantemente por homens do Rei Stannis , que fixaram moradia no Castelo Negro e [[Forte-Noite]], que Jon concedeu a Stannis como agradecimento pela sua ajuda contra os rebeldes.
Jon refuta algumas exigências de Stannis, que quer os seus homens dentro da Dádiva, mas Jon alega que a terra e todos os 16 castelos desocupados ao longo da Muralha são pertencentes à Patrulha da Noite. Ele envia Sam à Cidadela para treinar como Meistre. Com ele, juntos foram [[Meistre Aemon]], [[Goiva]], e o filho recém-nascido de [[Mance Rayder]], em um esforço para o colocar longe de [[Melisandre]]. Quando ele ordena [[Janos Slynt ]] para guarnecer um dos castelos abandonados ao longo da parede, Janos recusa, Jon o decapta por insubordinação, usando GarraLonga para executar a sentença ele mesmo.
Jon continua desagradando seus companheiros comandantes da [[Patrulha da Noite]], enviando [[Val ]] (a princesa selvagem) para tratar com [[Tormund Terror dos Gigantes]]. Uma aliança é feita entre os dois, e Jon abre os portões da Muralha para os selvagens, isso acarreta uma desaprovação em massa dos irmãos de Lord Snow. Ele usa os selvagens, divide-os em combatentes, intendentes, e dá aos guerreiros oportunidade para proteger a Muralha em guarnições nos castelos desocupados, contra os Outros. À medida que as ordas selvagens são movidas para a dádiva, Jon descobre que Mance está vivo, e que o homem que Melisandre deu as chamas não era ele. Mance é enviado por Jon para resgatar sua irmã [[Arya Stark ]] de [[Ramsay Bolton]], mas ele não sabia que a menina era realmente [[Jeyne Poole]].
Stannis, saiu da Muralha, conseguiu apoio dos nortenhos das montanhas, sempre fiéis a Ned Stark, e foi à guerra contra os Bolton, ao ouvir do casamento iminente de Ramsay com "Arya Stark". Jon é constantemente avisado ao longo do livro por Melisandre das visões em suas chamas: uma menina cinzenta em um cavalo moribundo fugindo do casamento, (Jon entendeu que essa visão, seria Arya fugindo de Ramsay, enviando Mance para salvá-la) que acaba por ser [[Alys Karstark ]] fugindo de seu tio, que é então capturado pela Patrulha da Noite. A outra visão revela punhais no escuro, e a dama vermelha manda o Senhor Comandante não se afastar de Fantasma, e ter cuidado. Porém, como a visão de "Arya" não se concretizou verdadeira aos olhos de Jon, ele não presta atenção aos avisos de Melisandre. Ele recebe uma carta de Ramsay Bolton, intitulada "bastardo", que afirma que Stannis foi derrotado, além de ter capturado Mance Rayder. Ele exige lealdade de Jon para a [[Casa Bolton ]] se a Patrulha da Noite quiser sobreviver. Jon responde a esta carta, dando o comando de uma missão importante da Patrulha para o selvagem Tormund Terror dos Gigantes. E avisa ele está viajando sozinho para o sul para combater os Boltons. E quando ele pergunta se alguém quer lhe fazer companhia, selvagens e irmãos negros se juntam à sua causa. A Decisão de Lord Snow, no entando foi a gota d'água para os outros comandantes, Jon comete o mesmo erro do meio irmão Robb, e se afasta de seu lobo gigante, o trancando em seus aposentos. Ao ouvir gritos, ele corre para dar fim em uma briga, entre um gigante e um homem da rainha, mas a confusão se revela uma armadilha, e Lord Snow é esfaqueado várias vezes por [[Bowen Marsh ]] e outros rostos invisíveis.
Se Jon morreu ou sobreviveu ao ataque, é desconhecido, pois essa foi sua última aparição e menção no livro.