Varys começou sua carreira como mestre dos segredos para Aerys, que passou a confiar cada vez mais nele à medida que sua paranóia crescia. Sor [[Barristan Selmy]] afirma que a podridão no reino de Aerys começou com Varys. Varys conhecia muitas das passagens secretas da Fortaleza Vermelha, possivelmente mostradas por Aerys para que seus "passarinhos" pudessem transitar secretamente pelo castelo. O eunuco até mesmo alertou Aerys que seu filho, [[Rhaegar Targaryen]], estava reunindo seguidores no Torneio de Harrenhall para roubar o trono do pai. Essa foi a única razão para Aerys ter participado do torneio, sendo que ele não deixava a Fortaleza Vermelha desde o Desafio de Valdocaso.
Durante a [[A Rebelião de Robert|Rebelião de Robert]], após a Batalha do Tridente, Varys alertou Aerys para que ele não abrisse os portões da cidade para [[Tywin Lannister]], alegando que este era indigno de confiança, mas o rei preferiu ouvir os conselhos do [[Grande Meistre]] [[Pycelle]]. Segundo [[Jaime Lannister|Jaime]], a única vez que Aerys devia ter dado ouvidos a Varys, ele não o fez.
Mesmo tendo jurado lealdade a [[Robert Baratheon]] e depois a [[Joffrey Baratheon]], e continuado no Pequeno Conselho, Varys parece manter-se fiel aos [[Casa Targaryen|Targaryen]]. Ele mantém um acordo com Illyrio Mopatis para ajudar a colocar novamente um Targaryen no Trono de Ferro. De fato, foi revelado que Varys salvou o filho de Rhaegar, [[Aegon Targaryen|Aegon]], trocando-o pelo filho de um camponês, sendo que este foi o bebê morto por Sor [[Gregor Clegane]]. Com o herdeiro salvo, Varys o contrabandeou para lá do Mar Estreito e o entregou a Illyrio, que o deixou sob guarda de um antigo amigo de Rhaegar e outrora Mão do Rei, [[Jon Connington]]. Para ocultar as atividades de Connington, Varys espalhou a história de que ele teria morrido de tanto beber após ser pêgo roubado da [[Companhia Dourada]].