O povo de Porto Real se ergueu contra ela, iniciando uma revolta que tomou a maior parte da cidade. Nesse cenário, uma multidão foi incitada por um profeta louco e atacou o [[Poço dos Dragões]], matando os três dragões que estavam presos ali. Joffrey, tentando salvá-los, também morreu. O dragão de Rhaenyra lutou contra a multidão e foi outra vítima. Tal episódio ficou conhecido como o [[Assalto ao Poço dos Dragões]].
Após a Tempestadeo Assalto, Rhaenyra deixou Porto Real. Amedrontada e desesperada, passou pálida e abatida por [[Rosby]], [[Stokeworth]] e [[Valdocaso]]. Quando chegou em Pedra do Dragão, Rhaenyra foi traída por Sor [[Alfred Broome]], e o que restava de sua Guarda Real foi morta. Seu meio irmão, Aegon II, tomara o controle da ilha em segredo e decretou a morte da meia-irmã, dando-a de comer ao seu dragão moribundo, Sunfyre. O Rei Aegon II decretou que Rhaenyra não devia ser lembrada como rainha, mas apenas como princesa. As únicas rainhas do período seriam sua mãe, Alicent, e sua irmã e esposa, Helaena.
Os três filhos de Rhaenyra com Velaryon (ou com seu amante Strong) morreram lutando na Dança dos Dragões, mas seus dois filhos com Daemon sobreviveram. A guerra terminou após o breve reinado de Aegon que seguiu à morte de Rhaenyra. Sem descendentes homens, ele foi sucedido pelo sobrinho Aegon III, o filho mais velho de Rhaenyra com Daemon e o mesmo que presenciara a mãe ser devorada por Sunfyre. Viserys II também reinou por um curto período de tempo após servir como Mão dos netos de Rhaenyra, [[Daeron I Targaryen|Daeron I]] e [[Baelor I Targaryen|Baelor I]].