Quando o segundo de seus irmãos morreu logo após nascer, o próprio Viserys I começou a treinar Rhaenyra para que ela se tornasse sua herdeira, colocando-a em seu lado na Corte e nas reuniões de conselho. Muitos nobres perceberam isso, de modo que a princesa foi cercade de admiradores e apoiadores que buscavam seus favores em troca de seu apoio.
A morte de sua mãe e o segundo casamento de seu pai, dessa vez com [[Alicent Hightower]], não preocupou Rhaenyra, mas quando a nova rainha teve quatro filhos (Aegon, [[Aemond Targaryen|AemongAemond]], [[Daeron Targaryen|Daeron]]) e uma filha ([[Helaena Targaryen|Helaena]]) numa rápida sequência, as sementes para a Dança dos Dragões foram plantadas.
Rhaenyra se casou com Sor [[Laenor Velaryon]], o filho de Lorde [[Corlys Velaryon]] e da Princesa Rhaenys Targaryen. Eles tiveram três filhos juntos: [[Jacaerys Velaryon|Jacaerys]], ou "Jace", [[Lucerys Velaryon|Lucerys]], ou "Luke" e [[Joffrey Velaryon|Joffrey]]. Todos já eram adultos e tinham seus próprios dragões quando o pai de Rhaenyra, Viserys I, morreu. Os boatos diziam, contudo, que os filhos de Rhaenyra eram, na verdade, de seu amado Sor [[Harwin Strong]].
A vontade de Viserys I de que sua filha o sucedesse foi confirmada em seu testamento.
Em {{data|111}}, um grande torneio ocorreu em Porto Real para comemorar o quinto aniversário de casamento do Rei Viserys I com a Rainha AlicenteAlicent. No banquete de abertura, a rainha vestiu-se de verde, enquanto que a Princesa Rhaenyra trajava dramaticamente o vermelho e o negro da Casa Targaryen. Isso foi notado, de modo que passaram a ser chamados de Verdes e Negros os apoiadores da Rainha e os da Princesa, respectivamente. No torneio em si, os Negros se saíram melhor do que os Verdes, sendo que Sor [[Criston Cole]], com o favor da Princesa Rhaenyra, derrubou todos os campeões da Rainha Alicent, incluindo dois de seus primos e seu irmão mais jovem, Sor [[Gwayne Hightower]].
Rhaenyra deu à luz a uma criança deformada, Visenya, próximo da data da morte de Viserys.