Depois que a doença seguiu seu curso, Jaehaerys se perdeu em seu trabalho como uma forma de lidar com sua dor, nomeando novos homens para os cargos e posições daqueles perdidos para os Arrepios. Parte da alegria retornou à corte em {{Data|60}} com o nascimento de sua quinta criança, a princesa [[Alyssa Targaryen]].{{Ref|FAB|O longo reinado Jaehaerys e Alysanne: Política, progênie e provação}}
Em {{Data|61}}, Jaehaerys juntou-se a Lorde [[Rogar Baratheon]] para acabar com o flagelo do [[Rei Abutre (Jaehaerys III) | Rei Abutre]], que continuou a atacar as [[Marca de Dorne]]. Na luta, chamada de [[Terceira Guerra Dornesa]], o Rei Abutre e seus bandidos foram derrotados.{{Ref|FAB|O longo reinado Jaehaerys e Alysanne: Política, progênie e provação}}
Em {{Data|62}}, Jaehaerys percebeu que não havia estradas verdadeiras em seu reino e ordenou a construção de um enorme sistema de estradas para unir os reinos: a [[estrada do rei]].{{Ref|TWOIAF|17}}{{Ref|FAB|O longo reinado Jaehaerys e Alysanne: Política, progênie e provação}}
Uma tragédia então ocorreu quinze dias após o torneio, quando o grande amigo de Jaehaerys e sua [[Mão do Rei]], Septão [[Barth]], morreu durante o sono. Jaehaerys substituiu-o por Sor Ryam Redwyne, o [[Senhor Comandante da Guarda Real]], mas quando Sor Ryam provou ser o mais inadequado para o cargo, posteriormente o substituiu por seu filho Baelon. Outra tragédia veio depois com a morte da Princesa Gael em {{Data|99}}, embora oficialmente tenha sido dito que ela morreu de uma febre de verão, ela na verdade cometeu suicídio ao se afogar na [[Torrente da Água Negra]]. Após este desgosto, [[Porto Real]] tornou-se insuportável para Alysanne.{{Ref|FAB|O longo reinado Jaehaerys e Alysanne: Política, progênie e provação}} De luto por sua filha mais amada, a Rainha Alysanne morreu menos de um ano depois.{{Ref|TWOIAF|17}} O filho e herdeiro do rei, Baelon tem uma morte repentina de em {{Data|101}}. Jaehaerys então nomeia Sor [[Otto Hightower]] para o cargo de Mão, que serviria pelo resto de seu reinado.{{Ref|FAB|Herdeiros do dragão: Uma questão de sucessão}}
[[Arquivo:King Jaeherys Targaryen with Alicent Hightower.png|Rei [[Jaehaerys I Targaryen]] com [[Alicent Hightower]]. Arte por [[:Categoria:Imagens por Douglas Wheatley|Douglas Wheatley]] para o livro ''[[Fogo & Sangue]]''. ©|thumb|350px|rightleft]]
Após a morte inesperada do Príncipe Baelon, seguindo o conselho de seu filho [[Vaegon Targaryen | Vaegon]], Jaehaerys convocou um [[Grande Conselho]] para decidir a linha de sucessão para o trono com a ajuda dos senhores do reino. No final, o filho mais velho de Baelon, Príncipe [[Viserys I Targaryen | Viserys]], foi escolhido pelos lordes e, conseqüentemente, Jaehaerys o nomeou Príncipe de Pedra do Dragão.{{Ref|FAB|Herdeiros do dragão: Uma questão de sucessão}}