Aerea nasceu em {{Data|42}} em [[Rochedo Casterly]], onde seu pai, o príncipe [[Aegon Targaryen (filho de Aenys I)|Aegon Targaryen]], e sua mãe, a princesa [[Rhaena Targaryen (filha de Aenys I)|Rhaena Targaryen]], estavam residindo, se escondendo dos [[Pobres Companheiros]] que estavam em [[Levante da Fé Militante|rebelião aberta]] contra a [[Casa Targaryen]].{{Ref|tsotd}}{{Ref|fab|Os filhos do dragão}}
Após a morte do avô de Aerea, o rei [[Aenys I Targaryen]], quem reivindicou a coroa foi seu tio [[Maegor I Targaryen|Maegor]], usurpando o direito do seu pai.{{Ref|TWOIAF|16}} Aegon finalmente resolveu dar batalha a Maegor e reivindicar sua coroa de direito, em {{Data|43}}, mas foi morto na [[Batalha no Olho de Deus]]. Rhaena disfarçou Aerea e sua irmã gêmea [[Rhaella Targaryen (filha de Aegon)|Rhaella]] e as enviou para morar com aliados e, por segurança, ela não queria saber para onde elas estavam indo. Contudo, ambas as garotas foram descobertas por [[Tyanna da Torre]], uma das esposas do rei Maegor. Quando Rhaena foi convocada para [[Porto Real]] em {{Data|47}} para se casar com Maegor, Tyanna usou a presença das filhas dela para assegurar sua cooperação. Aerea foi nomeada herdeira de Maegor, até que um filho natural dele nascernascesse. Nesse meio tempo, o tio dela, [[Jaehaerys I Targaryen|Jaehaerys]], foi deserdado pelo rei.{{Ref|TWOIAF|16}}{{ref|tsotd}}{{Ref|fab|Os filhos do dragão}}
Quando Jaehaerys tomou o Trono de Ferro após a morte de Maegor, alguns questionaram sua ascensão, defendendo o direito de Aerea, como filha mais velha de seu pai. Porém, considerando sua juventude e natureza tímida, até sua mãe Rhaena não acreditava que ela deveria tomar a coroa e que Jaehaerys I deveria ascender. Aerea concordou com isso e acompanhou o rei até [[Vilavelha]] para ser coroado e também no seu retorno até [[Porto Real]]. Nessa volta para a capital, contudo, Aerea começou a demonstrar uma mudança na personalidade, se tornando mais ousada e aguçada, como sua irmã. Enquanto isso, tal irmã, Rhaena, se tornou mais como ela, tímida e recatada. Rumores começaram a surgir que talvez alguém tenha trocado as duas irmãs mas isso nunca foi confirmado.{{Ref|fab|De príncipe a rei: A ascensão de Jaehaerys I}}